农经所其前身可追溯至1958年成立的农业经济系。
1958年3月，河南省人民委员会批准，河南省农业试验场改称为河南省农业科学研究所，时设农业经济系；之后，院、所称谓反复变更，农经系时设时撤，直至1980年7月设立河南省农林科学院自然资源调查和农业区划研究所，1984年更名为河南省农业科学院农业经济农业区划研究所。
2000年3月，农业经济农业区划研究所（建于1980年）与农业科技信息研究所（原名科技情报研究所，建于1974年）合并，成立农业经济信息研究所。
2006年12月，更名为农业经济与信息研究中心。2012年农业经济与信息研究中心正式更名为农业经济与信息研究所。
2023年7月，以农业经济与信息研究所的农业经济科研团队、大数据科研团队为基础组建设立农业经济与农村发展研究所。
